Préparer son fichier Excel

Pour faciliter le travail dans R de lecture de vos données dans Excel, quelques recommandations :
- des noms de colonnes courts, éviter les espaces et caractères spéciaux (les accents en particulier)
- mettre une seule information par colonne
- mettre une seule observation par ligne
- si vous avez plusieurs niveaux d’informations, faire deux onglets (ex : un onglet pour les caractéristiques de vos relevés floristiques, un onglet pour les caractéristiques des parcelles)
- éviter de mixer du texte et des chiffres dans une même colonne
- évitez les couleurs, elles ne seront pas lues dans R
- vous pouvez ajouter un onglet “Informations” ou “A LIRE” dans votre fichier Excel pour donner des informations complémentaires pour la bonne compréhension de vos données
- éviter les cellules fusionnées

Importer son fichier dans R

library(readxl) # Import de la librairie
read_excel("C:/Users//Projet R/Donnees/monfichierexcel.xlsx",sheet="Feuil1")

NB : mettre des slashs(/) pour séparer les dossiers et non des anti-slashs () pour Windows

Exporter un tableau R dans Excel

Ici, on exporte le jeu de données iris installé par défaut dans R vers Excel.

head(iris) #Visualise les 6 premières lignes du tableau iris
library(writexl) # Import de la librairie
write_excel(iris,"C:/Users/Projet R/Donnees/donnees_iris_de_R.xlsx")

NB1 : mettre des slashs(/) pour séparer les dossiers et non des anti-slashs () pour Windows
NB2 : Ici on exporte un jeu de données de R mais on peut exporter n’importe quel tableau de données (un tableau de résultat d’une régression par exemple) pourvu qu’il soit stocké dans un objet R approprié (dataframe, tibble…)

Le pakage xlsx : fonctionnalités import/export plus avancées

Le paquet xlsx est également très utilisé et apporte davantage de fonctionnalités mais il vous faudra installer des dépendances (suivre les instructions du terminal), en particulier Java, ce qui provoque parfois des difficultés.

Exemple :
1. On importe la librairie xlsx
2. On exporte les données iris dans le fichier Excel “donnéees_de_R.xlsx” dans l’onglet “iris”
3. On ajoute les données cars dans le fichier Excel “donnéees_de_R.xlsx” dans l’onglet “cars” sans écraser le fichier initial grâce à l’option append=TRUE

library(xlsx) # Import de la librairie
write.xlsx2(iris,"C:/Users/Projet R/Donnees/donnees_de_R.xlsx",sheetName="iris") 
write.xlsx2(cars,"C:/Users/Projet R/Donnees/donnees_R.xlsx",sheetName="cars",append=TRUE)